CT（Computed Tomography），即计算机断层扫描，是计算机控制、X线成像、电子机械技术和数学相结合的产物。
显微CT（micro computed tomography），又称微型CT，是一种非破坏性的3D成像技术，可以在不破坏样本的情况下清楚了解样本的内部显微结构。它与普通临床的CT最大的差别在于分辨率极高，可以达到微米（μm）级别，显微CT可用于医学、药学、生物、考古、材料、电子、地质学等领域的研究。
小动物micro ct检测成像的原理是当X-射线透过样本时，样本的各个部位对X-射线的吸收率不同。X-射线源发射X-射线，穿透样本，最终在X-射线检测器上成像。对样本进行360°以上的不同角度成像。与临床CT普遍采用的扇形X线束不同的是，Micro-CT通常采用锥形X线束。采用锥形束不仅能够获得真正各向同性的容积图像，提高空间分辨率，提高射线利用率，而且在采集相同3D图像时速度远远快于扇形束。通过计算机软件，将每个角度的图像进行重构，还原成在电脑中可分析的3D图像。通过软件：观察样本内部的各个截面的信息；对样本感兴趣部分进行2D和3D分析；还可以制作直观的3D动画等。
显微CT有2 种基本结构：
（1）样品静止，X线球管和探测器运动：这种结构和临床螺旋CT一致， 球管绕样品旋转。扫描速度快，射线剂量小，空间分辨率较低，多用于活体动物扫描。
（2）样品运动，X线球管和探测器固定：样品在球管和探测器之间自旋，并可做上下和前后移动。扫描速度较慢，射线剂量大，空间分辨率高，多用于离体标本扫描。
显微CT的应用对象
活体（in vivo):
研究对象通常为
小鼠、大鼠或兔等活体小动物，将其麻醉或固定后扫描。可以实现生理代谢功能的纵向研究，显著减少动物试验所需的动物数量。和医学临床CT类似，活体小动物micro ct也能够进行呼I吸门控和增强扫描（采用造影剂)。
离体(in vitro):
研究对象通常为离休标木（例如骨骼、牙齿）或各种材质的样品，分析内部结构和力学特性。也可以使用凝固型造影剂灌注活体动物，对心血管系统、泌尿系统或消化系统进行精细成像。
应用领域：
1.活体：研究对象通常为小鼠、大鼠或兔等活体小动物，将其麻醉或固定后扫描。可以实现生理代谢功能的纵向研究，显著减少动物试验所需的动物数量。和医学临床CT类似，活体小动物 MicroCT 也能够进行呼吸门控和增强扫描（采用造影剂）。
2.离体：研究对象通常为离体标本（例如骨骼、牙齿）或各种材质的样品，分析内部结构和力学特性。也可以使用凝固型造影剂灌注活体动物，对心血管系统、泌尿系统或消化系统进行精细成像。
3.骨骼：是 MicroCT 最主要的应用领域之一，其中骨小梁又是主要研究对象。骨松质和骨皮质的变化与骨质疏松、骨折、骨关节炎、局部缺血和遗传疾病等病症有关。目前，MicroCT 技术在很大程度上取代了破坏性的组织形态计量学方法。
4.牙齿及牙周组织。 能够从 3D 整体结构出发，对根管形态改变、龋齿破坏、牙组织密度变化、牙槽骨结构和力学特性的变化等情况进行研究。